Nachdem mich py2exe schon öfter geärgert hat und gerade jetzt wieder nicht das tat, was er eigentlich tun sollte habe ich kurzerhand auf PyInstaller gewechselt um aus Python-Code direkt ausführbare Programme zu generieren.
Nicht nur, daß PyInstaller auch unter Linux ausführbare Executables erzeugen kann, er generiert auch wirklich nur eine einzige .exe, die man besser verteilen kann.